JSTゲノムリテラシー講座

ゲノムデータ活用の基礎知識

８月２４日（火）　１０：３０〜１２：００

京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
JST/BIRD研究員　平川美夏
hirakawa@kuicr.kyoto-u.ac.jp

体験サイト

webマークのスライドのとき試してみましょう [slide]

  1. いろいろな生物のゲノム計画

  2. ゲノムデータの例

  3. アノテーションデータの例

  4. 知識の獲得とオントロジー

  5. EnsMartを使ったEnsEmbleとGOの利用
    1. EnsEmblのホームからEnsMartのページにいきましょう。(みつかりましたか？）
    2. STARTのページで、Focusメニューは、そのまま（Ensemble Genes）、Spiecesメニューは、Homo sapiensにします(マウスMus musculus、ショウジョウバエ Drosophila melenogasterでもかまいません）。
    3. nextボタンで、FILTERページにいきます。
    4. REGION:のLimit to (uncheck for entire genome):のチェックをはずします。
    5. GENE:の直下のメニューをwith GO ID(s)にします。
    6. 下にスクロールしてGENE ONTOLOGY:のMolecular Function のテキストフィールドの横のボタンをクリックします。
    7. QuickGOの画面が開きますので、Child termsのGO番号をクリックして、興味のある現象のGO番号を探しましょう。
      • Biologicical processを選ぶ：同じ細胞現象に関与する遺伝子を探します。プロモータなど制御領域が共通かどうか、遺伝子上流の配列を取って解析することができまます。
      • Cellular componentを選ぶ：細胞中の同じ場所、同じ複合体中遺伝子を探します。輸送シグナルの解析や相互作用している可能性のあるタンパク質の探索などに使うことができます。
      • Molecular function：同じ機能を持つ遺伝子を探します。配列比較を行い、樹状図を描いたり、共通の部分、異なる部分の配列の検討により、機能と構造の相関を調べることができます。
    8. 目的のGO番号（GO:XXXXXXX）をテキストフィールドにコピーまたは入力し、メニューは、ALL non IEA codes（計算機予測以外）にします。
    9. 画面下のnextボタンをクリックします。ここで、該当する検索結果があれば、OUTPUTの画面に移動します。OUTPUT画面の右側（黄色い部分）には現在の検索件数が表示されます。
      進めない場合は、検索結果がないので、条件を緩める必要があります。例えば、１つ上位の階層のGO termを選ぶなどです。
      注）キーワードによるアノテーションは、複数の語の組み合わせで表現するので、最も狭い概念（下位のterm）が選ばれているとは限らない場合があります。
    10. OUTPUTの下のタブから、Sequencesを選びます。Type of Sequence to Export (all in 5'-3' direction):の遺伝子構造の下のラジオボタンを選んで、構造表示が変わるのを確認しましょう。そして必要な箇所を選びます。 Select the output format:をText, Fastaにしてexportを実行します。
      注）データ数が大きいときは、 Enter a name for this result set:にファイル名を入力してダウンロードします。但し、ブラウザによって、動作が異なる場合があります。
    11. 上の操作で、FASTAフォーマットの配列セットが得られますので、これを次の解析に利用できます。例えば、ClustalWでマルチプルアラインメントをしてみましょう。その場合は、〜20 Entryくらいが適当です。
    12. 各配列には、Ensembl Gene IDとEnsembl Transcript IDがついていますので、何の配列かはEnsEmblを検索して確認することができます。また、OUTPUTでFeaturesタブを選び、Description、他のデータベースのリンク番号を獲得しておくこともできます。GENE:のフィールドで、Ensembl Gene IDとEnsembl Transcript IDが選ばれていますので、これは残して、必要な項目をチェックします。

参考サイト

参考にしたサイトや役に立つサイトへのリンク

  1. 基本

  2. ゲノムへの入り口

  3. オントロジーへの入り口

  4. ヒトゲノムプロジェクト関係

  5. おまけ

Last updated 2004.8.22